“扫黑风暴”继绿藤市之后席卷奎州，偏偏在督导组进驻的节骨眼儿上，李南北（肖央 饰）和俞青（范丞丞 饰）这对窝囊师徒竟意外抓获了潜逃多年的黑社会头目。一时之间，各方势力纷纷卷入，将矛头对准了于洪波（李诚儒 饰）和段毅（余皑磊 饰）带队的市公安局。黑恶势力正一步步进行着“合法洗白”，离奇旧案沉渣泛起，知名企业家、官员都被波及，调查过程历经生死，而对他们的考验，才刚刚开始。

天达电子有限公司软件设计师苗建文神秘失踪，此前他刚刚开发一个商业价值极高的软件，这令公司总经理冯韧万分焦急。某日深夜，苗建文的妹妹苗绚独自开车回家，却遭遇一辆不明来路黑色轿车的围追堵截，苗绚回家后又发现有不速之客闯入的痕迹……这一系列神秘的事件引起了连城公安局刑侦中队长苏澎的注意。