本季讲述了赛尔号在得到无尽能源后，踏上回地球的归途完成使命；不料却因为遇到三巨头的阻碍，失控的赛尔号意外误入了传说中恐怖的巴斯星。在危机四伏的巴斯星上，挥之不去的阴霾，述说着龙族的往事，精灵帕罗狄亚以及哈莫雷特的种种恩怨……

讲述赛尔先锋战斗小队在帕索尔星帮助麒麟夺回火之翼后，麒麟告诉赛尔先锋小队去巨石星卡图冈之门自然会找到无尽能源的答案，赛尔先锋战斗小队依照麒麟提示，前往巨石星去寻找卡图冈之门事。战神联盟也将登场。盖亚的哥哥瑞尔斯以新形象亮相和重要角色身份再次登场。

全球最强大的黑暗势力生命之光集团罔顾自然法则，妄图打造超能变异人部队以实现其统治世界的阴谋。守卫者战士天锋与隐耀会成员美灵心灵相通激活神器，和他们的战友白枭、赛森、曼德琳等人并肩作战，共同捍卫人类的命运！在战斗的过程中，纠结于天锋、白枭三角恋情之中的美灵也逐渐看清了自己的内心……

邪恶的混沌与狄庭联手制造出更厉害的融合蛮兽对付巨神战击队，谁料狄庭意外发现自己的身世竟是第五个战卫，更与大魔头吞天不共戴天。随着狄庭弃暗投明，全员集结的战击队解锁了机兽合体的新形态。

核晶守护者乐小宇、福星和立夏，有了霸王龙、猩猩和迅猛龙的加入后，又成功找到了新的远古钶龙：独角兽和双头龙，核晶守护团队如虎添翼。寻找核晶的过程中，霍霍巴博士终于露出自己的真面目，奥米伽也派出新的外星钶龙军团抢夺核晶。凭借友情、努力、团队合作和武器合体，乐小宇等人成功将霍霍巴及外星钶龙击败，并最终集齐了十块核晶碎片。

乐小宇受力奥和剑齿虎的委托，需要穿越到过去不同的时空，寻找分裂成十块的核晶碎片。与此同时，外星钶龙奥米伽为了抢夺核晶，也陆续派出十大钶龙属下前往地球。为了阻止核晶被抢、地球被侵略，乐小宇和同伴福星、立夏先后唤醒了以霸王龙为首的多个远古钶龙加入队伍，共同展开一场又一场惊心动魄的热血冒险历程。

平衡的九重天塌陷为九大天锥降临世界各地，无数人类被吸入其中。九重天的守护神被邪恶力量侵蚀控制，肆虐地球。为解救危机，神兽战队艰难与之抗争，得到希望元神的认可，获得力量，勇闯九重天，经历奇幻冒险和重重考验，凭借坚强意志和内心正义，打破黑暗军团的阴谋，最终修复九重天，拯救了人类和地球。

宇宙中一直有两股神秘力量在战斗，黑暗精灵侵食着智慧生物的能量，使他们变得贪婪、懒惰、自私、蠢笨，最终成为黑暗帝国的傀儡。而历代的超级记忆小精灵为了守护宇宙和平，不断对抗和封印着黑暗精灵。为了让所有的智慧生物恢复健康、勤奋、善良和聪敏，100亿年前，超级记忆小精灵的五位超能战士联合出击，终于成功封印了暗黑力量。作为代价，超能战士失去了本体，残存的能量被禁锢在魔盒卡片中。

一部承上启下的神界故事，作品中部分情节与 《斗罗大陆3龙王传说》中部分情节相呼应，也是《斗罗大陆4终极斗罗》的前传。 斗罗神界被时空乱流卷走，在黑洞里遇到了同被卷进来的《善良的死神》《惟我独仙》《光之子》《狂神》《空速星痕》《琴帝》六大神界，斗罗神界一挑六和其它神界展开了战斗。 要战败的时候，从遥远的斗罗大陆传来了熟悉的声音… 众神之战，谁与争锋？ 当主角光环碰到一起，谁能更胜一筹？这是属于唐门的一场众神之战！

本季主要讲述了在始祖灵兽利用无尽能源替布莱克驱逐了体内的黑暗力量后，无尽能源便消失了，正当SPT小队感到失望时，派特博士无意上发现了幻影金刚的芯片中记录着关于阿瑞斯水晶的传说…于是战神联盟在SPT的协助下踏上了寻找阿瑞斯水晶的征途，在经历重重磨难，战神联盟终于扫平了阻碍，战胜了也想染指水晶的海盗和邪恶精灵，最终在一场公平的对决后，雷伊以实力最终赢得了阿瑞斯水晶，帮助赛尔们找回了无尽能源。