女法医聂宝言的父是拆弹专家，一次行动中却意外被炸死，聂宝言化悲愤为力量加入法医行列，以继承其父的遗志，捍卫社会公义。聂宝言的姐姐聂宝意，是著名的专栏作家兼电台节目主持，专替人解决家庭及爱情纠纷，惜能医却不能自医，与女儿津津关系恶劣。津津偶然认识了在法证科工作的曾家乔，曾家乔曾涉嫌谋杀女友，津津深信曾家乔无辜，遂与聂宝言及曾家原合力找出真凶，助曾家乔洗脱罪名！津津知他暗恋女CID蔡小棠，遂帮他追求，却发现蔡小棠已心有所属，无奈只好放弃。曾家原与蔡小棠在工作当中发生感情，而这时言也发现对曾家原爱到不能自拔。

张大勇与李忠义这对默契排档继续与狡猾凶狠的罪犯斗智斗勇。感情方面，张大勇与高婕成为斗嘴情侣，感情稳定增长。新来的女警员蓝嘉文单纯善良，暗恋张大勇并主动示爱。令张大勇和高婕的问题出现新的危机。此时，高婕发现蓝嘉文过去曾在外国因为三角恋而放火杀人，正当要揭发这一段过去时，高婕的朋友离奇被杀。蓝嘉文对过去的矢口否认也不像假装，张大勇与高婕的误会加剧，事情的真相扑朔迷离。

铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。

目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑。

知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只能电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解，被获准和小兰一起参观陈有他设计图的展览馆，交谈中，他感慨30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美，并从小兰口中打探到她要与新一在米花大楼约会为新一庆生的诸多细节。

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。 而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计……

1999年的最后一个夜晚，淮海市党政军领导出席的大型庆祝晚会上，黄梅戏《天仙配》正演到高潮之际，因爱生妒的小生朱永生突然挟持了著名花旦梅玲，他露出腰上的雷管炸药，扬言要炸掉大剧院，并限瓜子大王项光荣15分钟之内来剧院理论。刑警队副队长刘跃进赶到剧院，以过人的智勇，降服朱永生，救出梅玲。心存感激的梅玲不久后成为刘跃进的妻子，而当过侦察兵的朱永生后来也逃掉了，并成为淮海市的一大祸害———这是后话。

该剧故事情节情深意切，又不乏峰回路转的悬念惊奇。发展银行副行长董浩突然离奇自杀，奉命处理此案的国际刑警东海联络处高级警官李鑫得知，雇佣杀手“马蜂”已潜入中国，董浩之死与“马蜂”有某种关系。在进一步侦查中，李鑫发现志飞贸易公司老总周飞利用国企改制非法集资，在香港商人的协助下，使用美人计把董浩拉下水，将7000万美元转移境外，然后携情人外逃出境。此案引起了极大反响，高层领导下令限期破案，国际刑警总部对……

2005年春，蓝海市里的两家制药厂--南华制药与东森制药为了争夺一个医药项目，展开了激烈的竞争。然而，谁也没料到这个“项目”竟是南华制药厂厂长郭林酝酿已久的一个阴谋。人称“贼公子” 的熊伟刚刚出狱便迫不及待的潜入郭林家，歪打正着的抓住了郭林的一些犯罪证据，当得知主人并未报案时，故又二次“光临”，从此掉进了郭林设计的陷阱之中。刑警队长刘保田在调查失窃案时，由于郭林的矢口否认，引起了他的怀疑，继而发现许多案件的背后都与郭林有关，郭林为达到自己的目的，对阻碍自己计划的人屡下毒手，案情也由此变得更加扑朔迷离。刘保

一个冷艳、性感、时尚百分百的美丽女人--宋丽。一个武功了得，阳光开心美少女--安妮。一个冷静成熟、明亮柔和的美人--白婷。为了正义、怀抱邪不胜正的信念，她们跟随着一个只闻其声不见其人的神秘老板查理及其助手大伟，她们是正义的天使。国内正大电脑公司发现其最新技术被外泄，请查理去追查究竟。这次外泄最可疑的对象是:万鑫科技集团公司和杨氏集团。万鑫是正大电脑公司的海外合作者，总裁王正中在商界有一定地位，和不少政要人物关系密切；杨氏集团是万鑫在科技竞争上的对头，对万鑫以及国内电脑公司的科技发明虎视耽耽。安妮顺利进入万