拉里•达利生活似乎不太顺利：经常换工作，居无定所；妻子与他离婚，找了一个证券经纪人，即将再婚，自己在儿子心目中的地位也岌岌可危。达利为了挽救自己的生活，也为了争取到儿子的抚养权，他不得不放弃“做大事”的梦想，成为了纽约自然博物馆的夜间警卫。达利原本以为这是一份无聊的工作，谁知道上班的第一天，不可思议的事情就发生了：博物馆里的法老金牌拥有神奇的魔法，当夜晚来临的时候，馆中所有的标本都会活过来，追逐骨头的霸王龙、爱捣乱的猴子、暴虐的匈奴王、钻木取火的穴居人…

在美国阿拉斯加最北边的极地圈内，偏僻的小镇巴罗每年有三十天的极夜，在这三十天里。小镇居民将忍受漫长的黑夜才能重见光明。又一个极夜来临时，陌生流浪汉的到来，打破了小镇宁静的生活。

在纽约的中央公园里，生活着这样一群无忧无虑的好朋友：狮子亚利克斯、斑马马蒂、长颈鹿麦尔曼以及胖河马格洛丽亚。他们的性格开朗活泼，因此每天的生活都过得丰富多彩。直到有一天，一群流浪的企鹅令斑马马蒂产生了一个大胆的念头，那就是逃出动物园，探寻自己的故乡，寻找新世界。于是，没有通知其他朋友，马蒂悄悄上路了。这下可急坏了朋友们，亚历克斯和其他几个朋友也逃出了中央公园，踏上了寻找马蒂的旅途。

美国人最重要的节日圣诞节又要来临了，每个人都为这个即将来临的节日欣喜不已，小伙子德鲁·莱瑟姆却一点都开心不起来。他是个很富有的年轻人，但和大多数有钱人一样，他十分的孤独，他的女友刚刚离他远去，没什么亲人的德鲁无法在即将来临的圣诞节里享受家庭的温馨，他将要面对一个孤单的圣诞节。由于小时候的时光给他留下了十分美好的记忆，于是，德鲁决定回到他 儿时所居住的老家的旧房子去重温逝去的幸福。

　约瑟生长在迦南的一个农夫家庭，拥有着与常人不一样的能力，因此经常被同父异母的兄弟们排斥。有一次，约瑟因为一个小小误会被兄长们出卖，被埃及人投入监狱，经过自己的努力，化解了一切误会，还做了埃及的大内总管，只在法老王之下。多年后，约瑟重遇了处于困苦中的兄弟们，原谅了他们之前所做的事！

本即将从纽约启程前往萨凡纳迎娶女友布里吉特，而一场飓风也几乎同时向南部推进。本在机场遇到了性格豪放的萨拉，并且两人在飞机上恰好座位相邻，可谁知飞机刚一起飞就遇到故障紧急降落，萨拉还在事故中撞伤了头。萨拉清醒之后在机场找了一个愿意让他们搭车的陌生人，并要求本与她一同前行。本以为他这样就可以按时抵达并出席自己的婚礼，可谁知这才是本和萨拉既欢乐又悲剧旅途的开始。

塞巴斯蒂安和薇奥拉是对孪生兄妹，主显夜晚他们乘船回家，不想在伊莱利亚海岸遇上风暴，船触礁沉没。奥拉被船长救起，塞巴斯蒂安却下落不明。为了寻找哥哥，薇奥拉女扮男装，成为伊莱利亚的统治着奥西诺公爵的贴身伺从。奥西诺公爵深爱着伯爵的女儿奥丽维娅，但小姐不久前刚痛失长兄，发誓“不足七年，绝不以全貌示人。”倍受恋情煎熬的奥西诺便派薇奥拉前去说情，试图得到奥丽维亚的芳心，孰料奥丽维娅对男装打扮的维奥拉情有独钟。糟糕的是，维奥拉爱上了善良的奥西诺公爵，一段复杂的三人关系，究竟会走向怎样的境地呢？

英俊男子乔纳森利用他的天赋俘虏了煤矿大王女儿桃乐茜的芳心，以为从此可以飞黄腾达。不想情海生变，他竟铤而走险杀了桃乐茜，桃的家人都深信她死于自杀，她的孪生姐妹爱伦也爱上了乔纳森，并嫁了给他。婚后却发现事有蹊跷，乃暗中追查真相。

安格斯喜欢浩瀚的大海，却畏惧下水游泳。一天他在海边发现了奇怪的石头。原来这是颗蛋，当一条奇怪的爬行动物出现在安格斯的面前时，他惊讶极了。他为这只小动物改名“克鲁索”。

影片讲述了赖瑞经过第一集的博物馆奇遇后， 以自己名字为品牌的手电筒赚了不少钱，衣食无忧，但心底总是有一点失落感，同时博物馆发生了一件大事，促使赖瑞再次回到了博物馆，继续奇妙之旅。