突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上

令全世界为之疯狂的歌姬·乌塔。她的身世成谜，歌声却被誉为“来自别的次元”。而这次，她将举办演唱会并第一次露出庐山真面目。为了欣赏她的歌声，路飞率领的草帽一伙，以及各路海盗、海军、世界各地的歌迷都汇聚在会场之中。全世界备受瞩目的歌声即将在此回荡。而故事就在乌塔是“杰克斯的女儿”这一令人震惊的发现中拉开帷幕！