郊外神社的神殿里，九位年轻武士在秘密开会，城代家老的外甥井坂（加山雄三 饰）准备向大目付菊井求助整治内部问题。但外貌邋遢的武士椿三十郎（三船敏郎 饰）出现，告诉他们菊井才是背后的黑手。果然，神殿很快被大目付手下团团围住，三十郎出手替年轻人解危，而室户半兵卫（仲代达矢 饰）却欣赏三十郎的身手，欢迎他加入。之后，三十郎与九人组去找城代家老，却发现晚了一步已被绑架。他们到了武士寺田家中再谋营救，隔壁就是敌人所在的黑藤府。菊井一边监禁了城代家老，另一边又想着引出年轻武士们出洞，幸得三十郎所救。在精妙计谋下，解救成

刚毕业的医学院学生保本（加山雄三 Yuzo Kayama 饰），在父亲的介绍下，来到穷乡僻壤的小石川诊所实习。他的老师是一位被称作红胡子（三船敏郎 Toshiro Mifune 饰）的古怪医师。起初，向往长崎的保本对这个贫民窟厌恶之极，并迁怒于红胡子，觉得自己受骗上当，无用武之地。红胡子是这里远近闻名的杏林高手，他没有对保本提什么要求，而是默默地行医，不畏权贵，不计酬劳，手下治愈的病人不计其数，其中包括因受虐精神失常的少妇（香川京子 Kyôko Kagawa 饰），因酗酒导致半身麻木的醉汉，因被贩卖至青楼